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  • 对患者源性肉瘤细胞的药物敏感性试验预测患者对治疗的反应,并确定c-Sarc抑制剂作为易位性肉瘤的活性药物
  • Bertha A. Brodin等。
  • 机构:微生物肿瘤与细胞生物学系(MTC)
  • 出版:英国癌症自然杂志
  • 2019

肉瘤是源于结缔组织的侵略性肿瘤,其发生率为所有成年癌症的1%。根据世界卫生组织(世卫组织)骨和软组织的分类,它们包括大约130个不同的组织学亚型.1手术是治疗肉瘤的基石。虽然,一些肉瘤亚型等骨质肉瘤和育龄肉瘤的患者对细胞抑制药物敏感,常规化疗对大多数肉瘤亚型有限,通常推荐用于晚期疾病。异质性和低发病率为Sarcoma诊断,治疗,药物开发和临床试验是一项巨大挑战。

  • 101kb人类基因在小鼠细胞中的组装、传递和表达
  • 莱斯利·a·米切尔等人。
  • 机构:纽约大学兰贡健康中心系统遗传学研究所
  • 出版:bioRxiv
  • 2019

DNA的设计和大规模合成已被应用于病毒和微生物基因组的功能研究。需要新的、更广泛的技术发展来释放这种自下而上的方法研究大型哺乳动物基因组的变革潜力。两大挑战包括组装和传递长DNA序列。在这里,我们描述了一个管道从头DNA组装和交付,使功能评估哺乳动物基因的长度尺度为100 kb。DNA组装步骤由一个集成的机器人工作单元支持。我们将101 kb的人HPRT1基因在酵母中组装,并将其传递到小鼠胚胎干细胞中,显示其全长基因的人蛋白表达。该管道提供了一个框架,以产生系统的,设计任何哺乳动物基因位点的变异,用于细胞功能评估。

  • 高通量小型化16S rRNA扩增文库的制备降低了成本,同时保留了微生物组的完整性
  • Jeremiah J.Minich等人。
  • 机构:加州大学圣地亚哥分校斯克里普斯海洋学研究所海洋生物研究组
  • 出版:美国微生物学会
  • 2018

下一代测序技术使生物学领域取得了许多进展,微生物生态学主要受益于扩大的样本量。虽然运行测序仪器的成本随着时间的推移已大幅下降,但文库制备方法的价格基本保持不变。在本研究中,我们开发了一种低成本的小型化(5-µl体积)高通量(384样本)扩增文库制备方法。我们的方法将文库准备成本降低到每个样本1.42美元,与现有的自动化方法相比降低了58%,与商业试剂盒相比降低了21倍,同时没有影响测序成功或扭曲微生物群落组成分析。我们进一步验证了优化的方法,在拉霍亚的斯克里普斯海洋研究所码头,通过7个月的16次采样事件,从46条太平洋鲭鱼的5个身体部位取样,用微型化的5µl反应体积(含0.2µl基因组DNA)和标准的25µl反应体积(含1µl基因组DNA)处理鱼微生物组样品。两种方法之间的alpha多样性高度相关(R2 > 0.95),而技术重复距离远低于体位点内变异(P < 0.0001),进一步验证了该方法的有效性。实现小型化文库制备(从三次25µl反应到三次5µl反应)所节省的成本足以覆盖768个样品的MiSeq测序,同时保留准确的微生物组测量值。

  • 384个相容性良好的宏基因组测序文库制备的小型化和优化
  • Madeline Y Mayday等人。
  • 机构:加州大学旧金山分校
  • 出版:bioRxiv
  • 2018

高质量测序文库的制备是宏基因组下一代测序(mNGS)的一个昂贵且耗时的组成部分。尽管近年来测序的总体成本显著下降,但制备测序样品所需的试剂可能成为该过程中的主要费用。此外,由于手动移液量的限制,手工制备的图书馆易受人为因素和不必要的浪费的影响。反应体积的减少,再加上无消耗性移液管尖端的亚微升试剂自动分配,有可能提供显著优势。在此,我们描述了几种仪器的集成,包括Labcyte Echo 525声学液体处理器和iSeq和NovaSeq Illumina测序平台,以小型化和自动化mNGS文库制备,显著降低制备样品所需的成本和时间。通过在RNA中使用外部RNA控制联盟(ERCC)峰,我们证明了微型制剂的保真度相当于全体积反应。此外,从细胞培养和患者样本中检测病毒和微生物物种也保存在微型文库中。对于384孔mNGS文库制备,我们仅在材料和试剂方面就节省了80%以上,与手动方法相比,制备时间减少了90%,而不会影响文库的质量或代表性。

  • 384个相容性良好的宏基因组测序文库制备的小型化和优化
  • Madeline Y Mayday等人。
  • 机构:加州大学旧金山分校医学院Chan Zuckerberg Biohub
  • 出版:bioRxiv
  • 2018

高质量测序库的制备是宏基因组新一代测序(mNGS)的一个昂贵和耗时的组成部分。虽然近年来测序的总成本显著下降,但制备测序样品所需的试剂可能成为该过程中的主要费用。此外,由于手工移液量的限制,手工编制的库容易受到人类的变异和不必要的浪费。减少反应体积,结合亚微升自动配药而不需要消耗性吸管头,有潜力提供显著的优势。在这里,我们描述了几种仪器的集成,包括Labcyte Echo 525声学液体处理器和iSeq和NovaSeq Illumina测序平台,以小型化和自动化mNGS库制备,显著降低成本和制备样品所需的时间。通过使用外部RNA控制联盟(ERCC)的插入RNA,我们证明了微型化制备的保真度与全体积反应相当。此外,从细胞培养和患者样本中提取的病毒和微生物种类的检测也保留在小型化库中。对于384孔mNGS库的制备,我们在材料和试剂方面节省了80%以上,与手工方法相比,制备时间减少了90%,而不影响库中的质量或表征。

  • Saccharomyces Cerevisiae的快速原型平台使用并行软件和工作台平台开发的计算机辅助遗传设计
  • P.D.Rajakumar,等。
  • 机构:伦敦DNA铸造厂
  • 出版:SAGE期刊- SLAS技术
  • 2018

Biofoundries使能够使用计算机辅助设计自动构建遗传构建体。在这项研究中,我们开发了抽象和自动化酵母兼容设计所需的方法。我们展示了我们内部软件工具,AMOS的使用,与设计软件,JMP和机器人液体处理平台协调,以成功地管理88酵母表达质粒库的构建。在这种原则上的研究中,我们使用三种荧光基因作为三种酶编码序列的代理。我们的平台设计用于快速迭代每种质粒的四种蛋白质编码序列的设计周期,具有较大的酿酒酵母中的多重基因组集成。这项工作突出了开发可扩展的新生物技术应用程序需要在软件开发,液体处理机器人和协议开发之间密切集成。

  • 基于快速的获取和基于模型的非典范细菌的无细胞转录 - 翻译反应的分析
  • Simon J. Moore等。
  • 机构:伦敦帝国理工学院合成生物学与创新中心
  • 出版:PNAS
  • 2018

原生无细胞转录-翻译系统提供了一种快速的方法来描述非模型微生物宿主基因表达的调控元件(启动子,转录因子),这可能很难通过传统的体内方法进行评估。其中一个寄主是巨型芽孢杆菌,它是一种巨大的革兰氏阳性细菌,具有潜在的生物技术应用价值,尽管它的许多调控元素仍未被描述。在这里,我们开发了一个快速自动化的平台,用于测量和建模体外细胞自由反应,并将其应用于B. megaterium,以量化一系列核糖体结合位点变异和此前未鉴定的内源性组成和诱导启动子。为了提供无胞系统的定量模型,我们还应用了贝叶斯方法,通过同时使用多个实验条件的时间过程数据来推断常微分方程模型参数。利用这个模型框架,我们能够推断之前未知的转录因子结合亲和力,并使用启动子竞争实验量化细胞自由转录-翻译资源(能量、核糖体、RNA聚合酶、核苷酸和氨基酸)的共享。这使得批量无细胞合成模式的资源限制因素得以深入了解。我们结合的自动化和建模平台允许快速获取和基于模型的分析无细胞转录-翻译数据,从未特征的微生物细胞宿主,以及无细胞系统内的资源竞争,它有可能应用于一系列无细胞合成生物学和生物技术应用。

  • 出版/类型:PNAS
  • 相关主题:细菌研究,txtl,贝叶斯,合成生物学
  • 使用酵母的测定和超高通量筛选平台鉴定具有抗突发活性的Leishmania肌醇磷脂合成酶的抑制剂
  • Jennifer L.Norcliffe等人。
  • 机构:达勒姆大学生物科学系
  • 出版:自然
  • 2018

利什曼病是一种被忽视的热带病,由昆虫传播的原生动物寄生虫,利什曼原虫种引起。感染影响到世界上数百万最贫穷的人,但是疫苗缺乏,药物治疗有限。最近,发展了公私伙伴关系,以确定控制利什曼病的新模式。药物发现是这些努力的重要组成部分,在这里,我们描述了一种新的检测方法的开发和应用,以识别利什曼原虫酶的抗原虫抑制剂,肌醇磷酸化神经酰胺合成酶(IPC)。IPC合成酶是一种具有多个跨膜结构域的膜结合蛋白,这意味着传统的体外检测方法使用纯化的蛋白溶液具有很高的挑战性。因此,我们利用酿酒酵母作为载体,以超高通量筛选180万个化合物。Antileishmanial benzazepanes被鉴定并显示在纳米摩尔浓度下抑制酶。进一步的化学反应产生了一种苯齐烷,在利什曼原虫细胞中显示了有效和特异性的IPC合成酶抑制。

  • 使用一种新的DNA参考材料格式的液滴数字聚合酶链反应的实验室间重现性
  • 莱昂纳多·B·皮涅罗等人。
  • 机构:澳大利亚悉尼国家测量研究所(NMI)等。
  • 出版:分析化学
  • 2017

液滴数字PCR技术(ddPCR)的应用正在全球范围内迅速扩大,应用的多样性和用户数量也在不断增加。使用相对简单且价格合理的商业ddPCR技术作为分子诊断工具引起了广泛的兴趣。为了使ddPCR有效地过渡到分子诊断设置,需要进行方法验证、验证和可再现仪器性能演示。在这项研究中,我们描述了一种DNA参考材料(NMI NA008高GC参考材料)的开发和表征,该参考材料包含一种具有挑战性的甲基化富含GC的DNA模板,该模板采用新型96孔微孔板格式。一种使用高精度声学分配技术的可扩展工艺经验证可生产DNA参考材料,其认证参考值以每孔DNA分子量表示。使用盲法NA008高GC标准物质进行实验室间研究,以评估七个独立实验室的再现性,结果表明再现性相对标准偏差小于4.5%。在排除一个实验室的情况下,实验室具有适当的技术能力、全功能仪器和适当的试剂,以便在研究时进行基于ddPCR的精确DNA定量测量。研究结果证实,NA008高GC标准物质适合用于ddPCR系统、耗材、仪器和工作流程的质量控制。

  • 合成染色体固结的合成,调试和效果:Synvi及其超出
  • Leslie A.Mitchell等人。
  • 机构:纽约大学医学院,博克实验室
  • 出版:科学
  • 2017

设计者染色体和基因组的总合成是研究遗传和生物系统的新范式。SC2.0项目正在从头开始建立设计师酵母基因组,以测试并延长我们的生物知识的限制。在这里,我们描述了合成染色体VI(SYNVI)的设计,快速装配和表征。此外,我们研究表型,转录组和一些固结,以发现当地人变化的数量增加,发现天然蜂窝网络的可能综合性遗传相互作用和/或扰动是SC2.0项目的下一个重大步骤。