在Sanger单细胞管道中,Echo液体处理器减少了库准备时间和成本。

Stephan Lorenz博士

威康信托桑格研究所高级科学经理单细胞基因组学核心设施

在Sanger单细胞管道中,Echo液体处理器减少了库准备时间和成本

随着单细胞基因组学的兴起,科学家们有了一个新的机会在癌症、衰老、免疫学等领域取得突破性发现。使这些突破得以实现,是该实验室单细胞基因组学核心设施的使命威康信托桑格研究所,那里的科学家提供了深入的技术专业知识和复杂的测序管道,用于表征基因组和转录组。客户还可以利用该研究所的单细胞专家开发的新协议来产生更好的结果。

核心实验室由Stephan Lorenz领导,他认为单细胞研究是“基因组科学中最令人兴奋和快速增长的领域之一”。对于他的客户的研究来说,获得如此精确的分辨率是一个游戏规则改变者。他说:“这项技术使我们能够观察生命的每个基本单位——细胞——并研究在基因组或转录组上留下指纹的任何生物过程。”。“它提供了更多关于感兴趣的生物过程的见解和数据,而不是对一百万个细胞的平均测序。”

演示视频

在HT单细胞测序工作流程中实现声学分配

与Stephan Lorenz博士

Stephan Lorenz博士,英国Wellcome Trust Sanger研究所单细胞基因组学核心机构负责人,在2016年爱丁堡Labcyte基因组学研讨会上发言时被拍摄下来。洛伦兹博士解释了单细胞分析与细胞群体研究的重要性,以更好地区分群体中的单个基因表达。

简化RNA图书馆建设

主要关注RNA,Lorenz博士详细描述了标准图书馆施工步骤以及它们如何简化它们以提高生产率。将细胞分解为96-或384孔板后,进行单细胞RNA的逆转录和扩增。随后是清理,然后是图书馆构建,将cDNA转换为测序就绪库。模板切换,Smart-SEQ协议用于核心设施,其产生具有在任一端的通用手柄的放大序列。Lorenz博士描述了它们如何纳入半自动液体处理逆转录,即快速,RNase免于易用,并包含cDNA质量控制(QC)监测。

自动固相可逆固定化(SPRI)清理之后,使用回声液体处理访问工作站用于量化、规范化和图书馆建设。洛伦兹博士提供的数据证明了声液处理如何可靠地转移大小和浓度范围广泛的DNA。他还描述了该技术如何在一次标准化和标准化运行中常规量化8个384孔板。

DNA样品制备的Nextera方法

描述了设施中采用的Nextera方法。这种方法涉及DNA片段化,并使用转座酶添加一个小的外伸,因此PCR可以使用一个适配器和针对外伸的引物来运行,这引入了条形码和流动细胞适配器。

我们使用Labcyte声学分配器,因为它允许我们以非常高的吞吐量执行复杂的分析。。。

Lorenz博士介绍了Nextera协议是如何适应回声和微型化的,以消除高尖端消耗和每个样本高成本的问题,同时保持相同的性能质量。该团队目前正在扩展此功能,以适应1536井板格式。

描述了测序前文库构建的最后阶段,特别是使用生物分析仪qPCR的文库QC,该技术已通过声学液体处理简化,可将反应体积减少10倍,并通过进一步使用模拟连续稀释节省时间和耗材。