回声液体处理

单细胞基因组学

来自单细胞的低容量测序库

来自单细胞的低容量测序库

Echo Liquid Handlers小型化文库制备,用于单细胞遗传材料的全基因组和转录组分析。通过精确、准确和非接触传递,Echo系统可以将多重置换扩增(MDA)和RNA-Seq反应减少75%以上。下一代RNA或DNA测序(NGS)库可以减少到10µL或更少。

减少反应量,消除交叉污染风险

Echo 525液体处理器
回声525液体处理程序

单细胞基因组学对于理解生物整个生命周期中发生的遗传和表观遗传变异至关重要。例如,癌症研究项目依靠单细胞基因组学,通过研究群体中的单个细胞类型和罕见细胞事件,来克服来自异质肿瘤样本的数据带来的挑战。

单细胞DNA的扩增本身就容易受到污染。在将样品或试剂转移到PCR反应中使用的尖端或喷嘴中的外源DNA,即使在转移前使用紫外线辐照步骤,也不能分解。Echo Liquid Handler的非接触声波传输完全避免了与任何DNA的接触,大大降低了污染风险。此外,在低纳升体积转移的精度和准确性消除了重复实验,进一步降低试剂成本。

通过将Echo Liquid Handler的低音量声学传输能力与用于RNA或DNA测序的库制备试剂盒相结合,研究人员可以大幅增加每个试剂盒生成的库的数量。通过将转移量减少75%或更多,并在不进行迭代稀释的情况下将库集中起来进行测序,Echo系统可以缩小并提高由单细胞制备的库的质量。

关键好处

  • 通过有效的分析微型化降低了操作成本
  • 消除交叉污染
  • 提高数据质量,检测量低至250 nL
  • 为基因组分析量身定制的集成系统和软件

特色出版

使用高复用Nextera过程的低成本、高通量DNA组装测序

由a公司公司。

2014年12月

Elaine B. Shapland, Victor Holmes, Christopher D. Reeves, Elena Sorokin, Maxime Durot*, Darren Platt, Christopher Allen, Jed Dean, Zach Serber, Jack Newman, and Sunil Chandran

*道达尔新能源美国有限公司

摘要

近年来,下一代测序(NGS)技术大大降低了全基因组测序的成本,而Sanger测序对质粒序列验证的成本仍然很高。因此,工业规模的工程师要么限制设计的数量,要么在质量控制上走捷径。在这里,我们证明了在Illumina MiSeq一次运行中,超过4000个质粒可以完全测序,每个不到3美元(15×覆盖率),比Sanger测序(2×覆盖率)减少了20倍。我们将Nextera标记反应的体积减少了100倍,并开发了一个自动化的工作流程来准备数千个用于测序的样品。我们还开发了跟踪样本和相关序列数据的软件,并快速识别具有最少缺陷的正确组装结构。随着DNA合成和组装成为一种集中的商品,NGS质量控制(QC)过程将对高通量DNA构建管道的操作团队至关重要。

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